在南京战役的最后有很多无处可退的国军士兵被日军俘虏。最后都被日军杀害。
唐生智无计划的撤退导致国军失去组织
本来南京国军司令唐生智在战前为了表示破釜沉舟的决心，并没有控制船只。但是唐生智突然在12月12日下令阵前撤退，从后面的结果来看，其所制订的撤退计划毫无可行性可言，并且根本就没有安排撤退船只，并且在撤退安排上带有很大的随机性，甚至也没有人通知担任督战任务的第36师。结果第36师为了阻止国军各部队撤退，双方还发生了交火。马嘶人喊，人员嘈杂，伤兵勉强拄着棍子也跟在后面。码头上的人如同热锅上的蚂蚁，就是没有船。幸亏第74军司令俞济时有路子找了1艘小火轮1次可以装300多人，经过12日1夜的忙活拉走 了第74军的5000多人（后又有2000人归队），第88师第264旅的辎重营在下关控制着一批木船把第88师抢运出去2000多人，教导总队突围 4000人，第36师突围3000－4000人。南京大屠杀60年祭专辑给出的国军突围撤退的数字是32144人。
需要指出的是部分国军将领的提前逃跑更加重了撤退的混乱。如第71军军长王敬久、该军第87师师长沈发藻等根本未回指挥所；教导总队队长桂永清回到富贵山地下室指挥所后告知幕僚撤退任务，即留参谋长邱清泉处理文件等，自己单独先去下关等等诸如此类的人还有很多。
日本海军对横渡长江的国军进行残酷射杀
方圆几十里的南京城已经被五路日军围个水泄不通，沟沟坎坎到处埋伏着日军机枪的交叉火力网，别说是一支大部队，就是一只兔子也难以逃脱日军的火力封锁线。只有南京城北面没有日军，可是却有一条汹涌的长江断绝了归路。没有桥梁、没有船只，只有滚滚的江水奔腾而去，无数散兵，难民一片混乱，大家的心理已经完全崩溃，惊嚎不绝，纷纷趴着木头盆，门窗，木棍子等等一切的东西想要飘过滚滚长江。
很快，日军第16师团的先头部队第30旅团第33联队冲到下关，和江面上的日本海军第3舰队第11战队的5艘炮舰，4艘驱逐舰，4艘海巡艇一起两面射击，射杀拥挤在下关和江面上的军民。
日军在下关等地俘虏了很多国军，按日军记载这些俘虏“有十二三岁的小兵，也有四十岁左右的老兵，服装形形色色，不禁让人怀疑，这些人是军人吗？”。里面那些青壮年士兵有的是南京城里卖茶碗的小贩被抓壮丁，有的是流浪汉被抓壮丁。第2天，12月14日，日军首先屠杀了4200名无法行动的国军伤兵，随后是屠杀俘虏和以抓逃兵为由到处抓捕男性，南京大屠杀开始了。
如果对照整部二战史我们也无法苛刻的要求南京守军可以在背靠长江天堑的时候，还可以组织起有序的阵前撤退。在二战的欧洲战场上，被对方合围的部队失败率也是很高的。比如著名的鲁尔，法莱斯，基辅合围战都是如此。
日军使用克式120毫米加农炮发射毒气炮弹，该炮拥有23公里的最大射程。
南京战役日军充分发挥了重炮和机动优势
12月13日，日本读卖新闻：特派记者浮岛于南京城头13日急电，今晨以来，构成南京攻防战最后一幕的大巷战和大歼灭战正在展开。城内各处火光冲天，奏起了远东有史以来凄惨无比的城池攻陷曲。
在南京决战对国军是不利的，江浙已经基本沦陷。工业已经向西转移。意味着国军的所有后勤都至少需要从湖南，湖北通过长江运输过来。而这条长江是很容易被日本航空兵和军舰封锁的。如果在陆地也被三面合围的话，就是一个标准的死地。
而南京背靠的上海港口，日本的补给线则变的很方便，从本土来的轮船可以轻松卸货。在世界军事史上，在没有取得火力，尤其是炮兵重火力优势和机动力优势的前提下，就贸然进行战略决战是没有取胜的先例的。
日军在南京使用了毒气炮弹
战后日本老兵藤原审尔说“我目睹过堆积在一起的数千具中国正规军士兵的尸体。看到如此多的正规士兵阵亡的尸体，在我的一生中是绝无仅有的。他们死亡的样子很奇怪，首先看不到外伤．．．．．他们可能是毒气熏死的”。 其实在天皇的军队和南京事件里已经有记载，11月30日，日军第10军向中支方面军和陆军总部呈送了关于攻克南京的意见的时候就已经决定对南京使用芥子气和燃烧弹了。而参战的日军里就的确有野战瓦斯部队和野战化学实验部队等专业化学人员。
南京之战，8万国军残兵与30万日军激战10天，战死达40%，受伤无数。作为一只军队已经做了最大的努力。这是战斗不力吗？百万德军据守的柏林也不过只守了1个多星期。论战斗意志，二战欧洲战场那些被对手合围的部队也没有几个可以打到死亡40%还不投降和崩溃的。至于后面那场无序混乱的撤退，那应该由最高指挥官唐生智和那部分提前逃跑的将领负责，而不应该苛责那些为首都保卫战曾付出自己生命的官兵。
为何日军占领南京后要进行屠城。而德军占领巴黎，苏联占领柏林，美军占领东京，都没有爆发屠城。原因在于日军想利用屠杀威慑中国民众，用恐怖高压来瓦解中国军民的战斗意志，无论南京是战是和都难逃屠城厄运，只因它是首都。但是日军这一暴行，这却激发起了中国更坚强和持续的抗战决心。
